El Laboratorio del Programa de Ecofisiología Aplicada cuenta con un espacio de aproximadamente 130 m2 de laboratorio y oficina con aire acondicionado y dos bioterios (de 10 m2 cada uno) con temperatura y fotoperíodo programados para la realización de los bioensayos y el cultivo de peces y anfípodos. Actualmente comparte el laboratorio con el Grupo de Estudios de Contaminación Antrópica en Peces, recientemente escindido del PRODEA. Además se tiene acceso a dos laboratorios adicionales: el primero es el Laboratorio Central de uso común con otros Proyectos y el segundo corresponde al espacio físico destinado a los equipos pesados de la UNLu.
Dentro de las instalaciones del PRODEA se puede mencionar la existencia del siguiente equipamiento: dos cámaras de incubación ciclada de temperatura e iluminación programables y con memoria y registro gráfico, una centrífuga refrigerada con rotores y tubos apropiados, tanque de nitrógeno, heladeras, freezers, destilador de agua sobre cuarzo, estufa de secado, microscopios (estereoscópico y óptico) con accesorios fotográficos de última generación, peachímetros, conductímetro y oxímetro de campo, Sensor óptico de oxígeno de alta resolución, cuba de electroforesis con fuente de poder, bombas peristálticas, balanzas analíticas y granatarias, baños termostatizados, espectrofotómetros UV visible con registrador y celdas termostatizadas, fluorómetro, equipo para determinación de DQO, sonicador, agitadores, vortex, peceras y accesorios para acuario. Equipamiento de cómputo: cinco computadoras personales, y una impresora láser. El software de las PCs es actualizado periódicamente, se dispone de acceso libre a Internet.