Dentro de las instalaciones del PRODEA se puede mencionar la existencia del siguiente equipamiento: dos cámaras de incubación ciclada de temperatura e iluminación programables y con memoria y registro gráfico, una centrífuga refrigerada con rotores y tubos apropiados, tanque de nitrógeno, heladeras, freezers, destilador de agua sobre cuarzo, estufa de secado, microscopios (estereoscópico y óptico) con accesorios fotográficos de última generación, peachímetros, conductímetro y oxímetro de campo, Sensor óptico de oxígeno de alta resolución, cuba de electroforesis con fuente de poder, bombas peristálticas, balanzas analíticas y granatarias, baños termostatizados, espectrofotómetros UV visible con registrador y celdas termostatizadas, fluorómetro, equipo para determinación de DQO, sonicador, agitadores, vortex, peceras y accesorios para acuario. Equipamiento de cómputo: cinco computadoras personales, y una impresora láser. El software de las PCs es actualizado periódicamente, se dispone de acceso libre a Internet.